Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Sprawy związane z zasadami tworzenia i nazywania taksonów, z genetyką itd.
Awatar użytkownika
Marcin Szewczyk
Posty: 1209
Rejestracja: środa, 4 lutego 2004, 15:45
UTM: DD12
Specjalność: Cerambycidae
Lokalizacja: Płock

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Marcin Szewczyk »

Jacku, nie wszystkie samice są allotypami, tylko jedną wyznaczasz jako allotyp właśnie w celu pokazania dymorfizmu. Wydaje mnie się, że sens wyznaczania allotypu jest w przypadku dość znacznego dymorfizmu, choćby np. Stictoleptura rubra.
Pozdrawiam
Marcin
Awatar użytkownika
Jacek Kurzawa
Posty: 9488
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 19:35
UTM: DC30
Specjalność: Cerambycidae
profil zainteresowan: Muzyka informatyka makrofotografia
Lokalizacja: Tomaszów Mazowiecki
Podziękował(-a): 4 times
Podziękowano: 1 time
Kontakt:

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Jacek Kurzawa »

Pewnie tak jest, że allotyp, to jeden okaz przeciwnej płci do holotypu. Definicja jest.... w sumie tak jest napisane "for a designated specimen of opposite sex to the holotype", więc 1, tylko nie precyzuje jego roli. Ja nie twierdzę, że samice wszystkie będą allotypami, tylko podałem jako przykład, z możliwą alternatywą. Pytam dlatego, ze w Kodeksie allotyp nie jest zdefiniowany i nie pisze o nim wprost, jaką ma rolę, więc i nad tym się zastanawiam. Bez wyznaczanie okazu jako allotypu i tak wśród paratypów będą widoczne te, o odmiennej płci od holotypu i znacznie się różniące. Termin allotyp byłby więc tylko bardziej terminem umownym, bez znaczenia taksonomicznego, nad którym nie warto się pochylać. Ale ponieważ są to tylko domysły, szukam potwierdzenia :)
Andrzej J. Woźnica

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Andrzej J. Woźnica »

IMO jednak warto się "pochylić" . Jeżeli mamy nowy takson, złożony tylko z materiału żeńskiego to możemy po porównaniu z allotypem precyzyjniej określić różnice diagnostyczne a tym samym opisać nowy gatunek. Nie jest to może popularna praktyka (tj. opisanie gatunku po samicy, gdy praktykuje się zwyczajowo opis po samcu) ale gdy np. podejrzewamy, że rozmnaża się on przez partenogenetycznie, to czemu nie ...
Awatar użytkownika
Jacek Kurzawa
Posty: 9488
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 19:35
UTM: DC30
Specjalność: Cerambycidae
profil zainteresowan: Muzyka informatyka makrofotografia
Lokalizacja: Tomaszów Mazowiecki
Podziękował(-a): 4 times
Podziękowano: 1 time
Kontakt:

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Jacek Kurzawa »

Chyba domyslam się już sensu tworzenia allotypu. W przypadku (przykład) polimorficznego taksonu seria typowa będzie składać się z rozmaicie wyglądających okazów. Wyznaczenie allotypu ułatwiłoby szybkie i bezpsporne odnalezienie płci przeciwnej w takiej mieszance różnie wyglądających typów.

W Twoim przypadku Andrzeju porównywałbym serię z możliwymi wszystkimi samicami z serii typowej, bo allotyp nie jest w niczym od pozostałych paratypów ważniejszy, jest też paratypem. Ale właśnie takie różne przypadki taksonomowie spotykają w swojej pracy i gdzieś tu jest sens wyznaczania allotypu, jak rozumiem, na roboczo, bez konsekwencji taksonomicznych związanych z tym wyznaczeniem.
Andrzej J. Woźnica

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Andrzej J. Woźnica »

Tak Jacku. Dobrze to ująłeś - polimorfizm. Np. w mszycach tak opisuje się gatunki :D .
Awatar użytkownika
Jacek Kalisiak
Posty: 3268
Rejestracja: wtorek, 24 sierpnia 2004, 14:50
Lokalizacja: Łódź
Podziękował(-a): 4 times

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Jacek Kalisiak »

Dwie świeżynki, może zaciekawią dyskutantów
https://www.researchgate.net/publicatio ... menclature
https://www.researchgate.net/publicatio ... menclature
z życzeniami miłego czytania :smiech:
Awatar użytkownika
Jacek Kurzawa
Posty: 9488
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 19:35
UTM: DC30
Specjalność: Cerambycidae
profil zainteresowan: Muzyka informatyka makrofotografia
Lokalizacja: Tomaszów Mazowiecki
Podziękował(-a): 4 times
Podziękowano: 1 time
Kontakt:

Re: PARATYP, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Jacek Kurzawa »

L. Borowiec pisze:Poprzedni przepis kodeksu chciał uchronić przed rutynowym wyznaczaniem  neotypu przez cwaniaków, którzy by wyszukiwali w jakich gatunkach zaginęły typy i bez jakiejkolwiek analizy wyznaczali neotypy dla samego mnożenia sobie liczby publikacji (tak jak robi np. nasz ulubieniec Ozdikmen wyszukujący homonimy w katalogach i zastępujący je swoimi nowymi nazwami). Przepis usunięto bo właśnie źle rozumiano pojęcie "rewizji", jako coś praktycznego, a nie akt naukowy. Natomiast redaktorzy czasopism powinni zwracać uwagę, czy wyznaczeniom neotypów towarzyszy dyskusja naukowa spełniająca warunki falsyfikacji hipotezy.
Nasz znajomy "ulubieniec" nie tylko tego forum Pan Ozdikmen doczekał się publikacji na temat swoich działań i to w sumie nawet niejednej. Podam linki, szczególnie pierwsza jest ciekawa bo zajmuje się w sumie właśnie problemem tego Pana...:

Shelley, Golovatsch 2015. Nomenclator Generum et Familiarum Diplopodorum III. A list of the Genus-, Family-, and Ordinal-Group names proposed in the Class
Diplopoda from 1 January 2000 – 31 December 2014

http://kmkjournals.com/upload/PDF/Arthr ... ovatch.pdf

Sierwald, Mauries, 2017. Importance: nomenclatural action to restrict the submission of superfluous generic names Tomogonopus (Diplopoda, Spirostreptida, Spirostreptidae) a replacement name for Umbraticus Özdikmen, 2009 (Spirostreptida, Spirostreptidae).

https://biotaxa.org/Zootaxa/article/vie ... a.4299.1.9
Awatar użytkownika
Jacek Kurzawa
Posty: 9488
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 19:35
UTM: DC30
Specjalność: Cerambycidae
profil zainteresowan: Muzyka informatyka makrofotografia
Lokalizacja: Tomaszów Mazowiecki
Podziękował(-a): 4 times
Podziękowano: 1 time
Kontakt:

Re: PARATYP, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Jacek Kurzawa »

L. Borowiec pisze:
Jacek Kurzawa pisze:"A co jeśli był jedyny? Jeśli nie istnieją żadne typy, tylko opis, który często bywa lakoniczny, to czy wyznaczenie neotypu jest konieczne?"
Jeżeli status gatunku jest klarowny i nie budzi żadnych wątpliwości, to przy utracie holotypu, nawet jedynego, wyznaczenie neotypu nie powinno być rutyną. Lakoniczność opisu sama w sobie nie jest powodem do wyznaczania neotypu. Trzeba dodatkowo rozbudować dyskusję falsyfikującą status taksonu i wtedy wyznaczenie neotypu pieczętuje podjętą przez taksonoma decyzję.
No i właśnie o tym w tym samym tonie pisze D.Yanega. Właśnie ukazał się poradnik o braku konieczności wyznaczania neotypów w związku z ich utratą. Bardzo ciekawy i ważny artykuł, w którym dokładnie omówione zostały aspekty, kiedy i w jakich wypadkach i pod jakimi warunkami można wyznaczać neotypy, a kiedy nawet przy braku holotypów wyznaczanie neotypów jest niewskazane.
http://tnijurl.com/cf7c0a49dd7b/

NA FB Doug Yanega napisał tak:

Doug Yanega udostępnił link.
13 września o 05:11
Hi, all.

Among the things that have arisen in the aftermath of the terrible fire this month in Brazil's Museu Nacional - a tragedy that affects many in the global scientific community - are numerous public comments regarding the loss of the thousands of holotype specimens housed in Rio, and how difficult it will be to replace them all. The latter assertion - implying or claiming that all of the lost types will need to be replaced - is inaccurate, and those of us serving on the ICZN (International Commission on Zoological Nomenclature) feel that it is essential to provide accurate information to counteract some of these well-intentioned but slightly misleading comments. Our aim is not to dismiss the concerns of those who are worried about the consequences of losing so many type specimens, but to reassure people that only a fraction of those lost types actually require replacement, in no small part due to the commendable foresight of curators and researchers who recorded digital images of many of those types.

Accordingly, I and a number of other Commissioners have drafted an advisory document outlining what the ICZN Code actually says regarding the replacement of lost types, emphasizing that the situation surrounding each individual type must be taken into account, and only in exceptional cases is it possible to designate a replacement (neotype); doing so requires very explicit justification and documentation. It is entirely likely that only a small fraction of the holotypes that have been lost will fulfill the necessary criteria, thus greatly reducing the burden on the taxonomic community. The task will not be easy, but it will not be as comprehensive or labor-intensive as many have assumed.

For those of you who have an interest in this matter, please see

https://docs.google.com/document/d/1Ef0H0pwnjJW5B5thzp-Fs5J3qEomuJyoEvKQd4hx-Lk/edit

There are, inevitably, parts of the Code that can be easily overlooked, easily misinterpreted, or fairly subjective. The purpose of this particular document is to serve for clarification and as a practical guideline. It does not, in any way, supercede the "legislative" text of the Code itself, which is appended - unaltered - at the end of the document, and also available at http://www.nhm.ac.uk/hosted-sites/iczn/code/ in its entirety. We would urge people in particular to note the various provisions of Article 75.3, especially 75.3.6 and 75.3.7.

Please do bear in mind that the rules concerning neotype designations are explicitly intended to ensure a measure of quality control over the process, and prevent abuses of the system; every one of these rules is in place for a good reason. Most of these rules have been unchanged (or even slightly relaxed) since at least the 1961 edition of the Code, if not earlier, and they have served the community well thus far.

If you read through the document and still are uncertain about anything, I and the other Commissioners are generally available to answer questions. We would certainly prefer to spend a little effort to address taxonomists' concerns before any types are replaced, rather than after.

PLEASE do pass this message on to colleagues who might benefit from this information, including other mailing lists or social media groups where this topic is of broad interest. This document may eventually be published, but broad dissemination of the information now will still be beneficial, especially given that publications have a much smaller reach than mailing lists and social media, and also given how quickly, and widely, inaccurate assumptions and claims have already been distributed.

Sincerely, Doug Yanega
Załączniki
Yanega et al., 2018. When zoological type specimens are lost_ ICZN-compliant guidelines for when and when not to designate neotypes - Dokumenty Google.pdf
(128.56 KiB) Pobrany 11 razy
Awatar użytkownika
Grzegorz Banasiak
Posty: 4469
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 23:27
UTM: DC45
Lokalizacja: Skierniewice
Podziękował(-a): 2 times
Kontakt:

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Grzegorz Banasiak »

Nie byłem pewien do jakie wątku wrzucić to pytanie, doszedłem jednak do wniosku, że ten będzie optymalny z racji udziału w nim osób zainteresowanych okazami typowymi i znających się na rzeczy.

Obejrzałem w sieci setki jeśli nie tysiące okazów typowych, żeby ustalić jaka jest prawidłowa kolorystyka etykietek, może nawet nie prawidłowa (bo z tego co wiem to niewiele tu standardów, no może poza holotypem) ale zalecana kolorystyka. W EntomoLabels chciałbym zrobić to prawidłowo. Z NHM w Londynie kurator Diptera podesłał mi grafikę z kolorystyką, której oni używają. Wszystko fajnie ale z takiego zdjęcia odczytanie kolorów daje przekłamania np. neotyp ma kolor "tomato", nie wiem może tak powinno być. To co zrobiłem dało mi kolory jak w lewej części załącznika.
Zmiany w EntomoLabels które robię i mam jeszcze w planie wymusiły powstanie ColorPickera (z prawej strony załącznika) gdzie w górnej części będzie lista kolorów dla typów.
Może znacie jakieś prace które ten temat omawiają albo coś podpowiecie ?
Załączniki
TypeColors.jpg
Pokaż obraz w oryginalnym rozmiarze (64.86 KiB)
L. Borowiec
Posty: 970
Rejestracja: wtorek, 25 maja 2004, 13:36

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: L. Borowiec »

Grzegorzu, nie ma jakiś konkretnych wytycznych co do kolorystyki etykiet dla typów. Przepis mówił, żeby taka etykieta się wyróżniała i stąd historycznie wziął się czerwony kolor dla holotypów. Różne muzea stosowały swoje kolory dla paratypów np. MRAC daje dla nich żółte etykiety, British Museum niebieskie, Bishop Museum pomarańczowe itd.
Awatar użytkownika
Grzegorz Banasiak
Posty: 4469
Rejestracja: poniedziałek, 2 lutego 2004, 23:27
UTM: DC45
Lokalizacja: Skierniewice
Podziękował(-a): 2 times
Kontakt:

Re: Holotyp, paratyp, syntypy, lektotyp, neotyp.

Post autor: Grzegorz Banasiak »

L. Borowiec pisze:Grzegorzu, nie ma jakiś konkretnych wytycznych co do kolorystyki etykiet dla typów. Przepis mówił, żeby taka etykieta się wyróżniała i stąd historycznie wziął się czerwony kolor dla holotypów. Różne muzea stosowały swoje kolory dla paratypów np. MRAC daje dla nich żółte etykiety, British Museum niebieskie, Bishop Museum pomarańczowe itd.
Lechu, dziękuję za odpowiedź.
Zawsze zastanawiało mnie w niektórych pracach traktujących o typach, że przy opisie jakiegoś okazu typowego dodawano zdanie np. "okaz oznaczony etykietą koloru czerwonego". To właśnie przez ten brak wytycznych i decyzję autora. Teraz już wiem.

W takim razie przyjmuję wersję kolorystyczną NHMUK a jednocześnie dam do wyboru kilkadziesiąt innych kolorów.
ODPOWIEDZ

Wróć do „Taksonomia, systematyka, genetyka”